As primeiras notícias que se tem sobre Paty do Alferes São do século XVII, quando o sertanista Garcia Rodrigues Paes abria caminho de Minas Gerais ao Rio de Janeiro e deparou com as terras do Alferes Leonardo Cardoso da Silva, conhecidas na época como "Roça do Alferes".

O nome se refere à grande quantidade de patis - palmeiras de pequeno porte - encontradas no local. O proprietário possuía a patente militar de alferes (denominação da época para tenente). Paty do Alferes, um dos berços da ocupação do interior do Estado do Rio de Janeiro, é citada em antigos e importantes relatos dos grandes estudiosos de História do Brasil, demostrando a relevância da História do município na colonização da Região do Vale do Ciclo do Café.