Até o século XVII, Guapimirim era habitada pelos índios timbiras e tamoios, que, com a chegada dos portugueses, subiram a serra e descobriram o Rio Guapi-Mirim. Os primeiros vestígios de colonização deram-se com a concesSão de sesmarias, logo após a expulSão dos franceses do Rio de Janeiro. Nossa Senhora D'Ajuda de Aguapei-Mirim foi seu primeiro nome, quando fundada em 1674. Era passagem obrigatória para quem se dirigisse à Serra dos Órgãos.

A História de Guapimirim está relacionada com a de Magé, município do qual se emancipou recentemente. Data dos primeiros tempos coloniais do Brasil o desbravamento da região de Magé. Em 1565, Simão da Mota edificou sua moradia no Morro da Piedade, próximo do qual, ainda hoje, existe o porto de mesmo nome, a poucos quilômetros da atual sede municipal.

Alguns anos depois, Simão da Mota, com outros portugueses e iNúmeros escravos, transferiu-se para a localidade Magepe-Mirim, de onde se originou a atual cidade de Magé. A povoação foi elevada à categoria de freguesia em 1696. Próximo dali também desenvolveu-se, a partir de 1643, a localidade de Nossa Senhora da Guia de Pacobaíba, reconhecida como freguesia em 1755.

Devido ao esforço dos colonizadores e à fertilidade do solo, ambas Magepe-Mirim e Guia de Pacobaíba gozaram de uma situação invejável no período colonial. Tanto numa quanto noutra, o elemento negro, introduzido em grande número, muito contribuiu para o desenvolvimento da agricultura e elevação do nível econômico local. Em 1789, Magé foi elevada à categoria de vila, com território constituído de terras desmembradas do município de Santana de Macacu e da cidade do Rio de Janeiro, inclusive as ilhas do arquipélago de Paquetá, na Baía de Guanabara. Em 1857, foram-lhe atribuídos foros de cidade.

Para que se avalie a importância desse município, durante o segundo império foi construída em suas terras a primeira estrada de ferro da América do Sul. Inaugurada em 1854, a Estrada de Ferro Mauá ligava as localidades de Guia de Pacobaíba e Fragoso, numa extenSão de 14,5km. D. Pedro II, quando passou pelo lugar, ficou tão impressionado com sua beleza natural que criou um pedágio a ser cobrado de todo visitante que desejasse ver o local, hoje conhecido como Barreira.

Com a abolição da escravatura, houve considerável êxodo dos antigos escravos, ocasionando terrível crise econômica. Esse fato, aliado à insalubridade da região, fez com que desaparecessem as grandes plantações, periódicas ou permanentes. O abandono das terras provocou a obstrução dos rios que cortam quase toda a baixada do território municipal, alagando-a. Daí originou-se o grassamento da malária, que reduziu a População local e paralisou por várias décadas o desenvolvimento econômico da região.

Por ocasião da inauguração da Estrada de Ferro Teresópolis, ocorrida em 19 de setembro de 1908, a região alça grande impulso econômico pois passa a ter condições de transportar para grandes centros toda a sua produção agrícola, culminando com a construção, em 1926, da Estação Ferroviária de Guapimirim e, a partir dela, das primeiras edificações urbanas.

Guapimirim alcança sua emancipação através da Lei Estadual n.º 1.772, de 21 de dezembro de 1990, e a instalação deu-se em 01 de janeiro de 1993.