São Joaquim foi colonizada por descendentes de portugueses e espanhóis vindos do Rio Grande do Sul e de São Paulo, a partir de 1750. Depois de se fixarem na região, eles fundaram grandes fazendas de gado, que serviam de pouso aos tropeiros que levavam gado do sul para o interior do País.

A partir de 1873, com a fundação da freguesia de São Joaquim do Cruzeiro da Costa da Serra, a região recebeu descendentes de alemães e italianos, que se integraram ao processo de colonização. Em agosto de 1886, a freguesia tornou-se vila, emancipando-se em 07 de maio de 1887.