O Rei de Portugal D. José I, assessorado pelo Marquês de Pombal Ministro dos Negócios Estrangeiros do Reino de Portugal, através de recomendação datada de 26 de janeiro de 1765, ordenou ao Capitão Geral da Capitania de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão, que fundasse vilas e povoados, em pontos mais convenientes que os sítios dispersos.

Através da Portaria de 5 de dezembro de 1765, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão, incumbiu seu primo Afonso Botelho de Sampaio e Souza, Tenente-Coronel das Tropas Auxiliares, para formar uma povoação na enseada de Guaratuba.

Para dar inicio à tarefa, foram selecionados 200 casais para cultivarem as terras, sendo determinado então a essas pessoas que demarcassem as terras que necessitavam, de acordo com as possibilidades de cada um.

Em 13 de maio de 1768, D. Luiz atendeu ao pedido do fundador da nova povoação, para a criação e manutenção de uma igreja, enviando então, monumentos para a nova igreja.

Cumprindo a Portaria de 20 de janeiro de 1770, do Governador Geral de São Paulo, Tenente-Coronel Afonso Botelho de Sam Payo e Souza, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão, em companhia do Ouvidor Geral da Comarca, Lourenço Maciel Azamor, do Capitão Francisco Aranha Barreto, e do Tenente Joaquim Coelho da Luz, fundou a Vila de São Luiz da Marinha de Guaratuba.

Em 29 de abril de 1771, deu-se a solenidade de Fundação da vila e como primeiro ato a celebração de missa pelo pároco padre Bento Gonçalves Cordeiro, auxiliado pelos padres Frei João de Santana Flores e Francisco Borges.

No dia 30 de abril de 1771 foi levantado o Pelourinho, solenidade que culminou com uma missa, oficiada pelo pároco local, o vigário Bento Gonçalves Cordeiro. Logo após, foi realizada a eleição da primeira Câmara Municipal com aprovação do fundador da Vila e do Ouvidor Geral, ficando constituída pelo Alferes Antonio Carvalho Bueno, Juiz Manoel de Miranda Coutinho, Vereador José Martins Ferreira, o Procurador do Conselho e alcaide Gregório Francisco, e o Escrivão da Câmara Constantino José Cardoso.

Guaratuba permaneceu dirigida pelos vereadores e assistida pelo Presidente da Província até a Proclamação da República, quando passou a eleger seu primeiro Prefeito, assumindo o cargo em 1792, continuando assim até 20 de outubro de 1838, quando por força do Decreto Lei Estadual nº 7572, foi extinto o Município de Guaratuba, passando a ser apenas um Distrito de Paranaguá.

Pela Lei n° 2 de 10 de outubro de 1947, foi restaurado o Município de Guaratuba, sendo instalado oficialmente no dia 25 do mesmo ano.