Beneficiada por um litoral recortado e de águas tranqüilas, pela fartura de água potável e pela riqueza da fauna e flora, a População indígena, oriunda de tribos goianás, apresentava-se numerosa na região de Paraty. Esse fato motivou, desde a primeira metade do século XVI, incursões dos colonos do núcleo de São Vicente em busca de indígenas para escravizar na lavoura de cana.

De fato, o homem branco não tinha somente o objetivo de buscar gentios para o trabalho na lavoura, mas também lhe interessava a região, na medida em que constituíase de caminho que ligava São Paulo e Rio de Janeiro com as Minas Gerais, quando a Serra do Mar era praticamente um obstáculo intransponível. Foi Martim Corrêa de Sá quem, em 1597, formou uma expedição utilizando-se de caminho por terra e mar, passando por Paraty, e alcançou a região das minas. Um século mais tarde, numerosos colonos já habitavam às margens deste caminho.

Entretanto, os primeiros colonos foram arregimentados pelo Capitão-Mor João Pimenta de Carvalho, que se fixaram num local denominado São Roque, posteriormente "Vila Velha". O contato com indígenas foi importante no conhecimento de trilhas por eles abertas entre o litoral e o planalto, destacando-se a que atingia Guaratinguetá, através da localidade de Cunha. Dessa forma, achou-se por bem transferir o povoado para local mais próprio, estabelecendo-se, assim, às margens do Rio Perequê-Açu, um pequeno núcleo em terras doadas por D. Maria Jácome de Mello, onde foi erguida uma capela em homenagem a Nossa Senhora dos Remédios, que deu origem à atual Paraty que, na língua tupi, significa "peixe de rio" ou "viveiro de peixes".

O povoado mostrava-se próspero, o que levou à emancipação e à elevação à categoria de vila, dada pela Carta Régia de 28 de fevereiro de 1667, assinada pelo rei Afonso VI, com o nome de N.S. dos Remédios de Paratii.

O declínio da cana-de-açúcar e a busca do ouro fizeram com que se reintensificasse a utilização das primitivas trilhas indígenas, principalmente as que partiam de Paraty. Esta circunstância veio colocar a vila como intermediária de escoamento de boa parte da produção de metais preciosos do planalto paulista e da região mineira.

A política portuguesa de não permitir a abertura de outros caminhos, para facilitar a fiscalização da circulação de ouro, fortaleceu ainda mais a posição privilegiada de Paraty, que teve sua condição de entreposto oficialmente reconhecida com o estabelecimento, no sopé da serra, de uma casa de registro de ouro. Paraty passou a constituir a única via de acesso aos planaltos paulista e mineiro, estabelecendo-se intenso Comércio com a crescente demanda dos mineiros.

Próspera e muito rica, Paraty vem despertar a cobiça à pirataria, o que leva o governo português a transferir o embarque do ouro para a cidade do Rio de Janeiro por motivos de segurança. Com essa mudança, outra via de escoamento passou a ser utilizada, o "Caminho Novo do Tinguá", o que levou declínio econômico para a região.

A substituição do ouro pelo café no século XIX teve, também em Paraty, importante ponto de apoio, servindo este núcleo, em conjunto com Angra dos Reis, Mangaratiba, Ubatuba e outros, de porto marítimo para escoamento da produção do Vale do Paraíba.

O declínio da importância de Paraty ocorre no final do século XIX, com a melhoria da infra-estrutura de transporte do planalto, passando o café a ser recolhido por via férrea e diretamente conduzido para o Rio de Janeiro.

Apesar da abertura de rodovia em leito natural para as localidades paulistas de Cunha e Guaratinguetá, em meados do século passado, Paraty somente veio a ser redescoberta há poucas décadas, com a abertura da rodovia BR-101, a Rio-Santos, e com a assinatura do Decreto 58.077, de 24 de março de 1966, pelo qual foi declarada Monumento Histórico Nacional. Posteriormente, foi reconhecida pela UNESCO como patrimônio cultural da humanidade.

Praticamente todo o território paratiense é objeto de Áreas de proteção ambiental. Juntamente com Angra dos Reis, Paraty se caracteriza como uma das mais antigas povoações do sul fluminense, tendo grande importância a indústria do turismo e de veraneio.