Proveniente da junção de duas palavras de origem indígena (“mangara” – ponta da banana e “tiba” – local onde existe abundância), a exploração do território do município verificou-se por volta de 1534, época em que foram doadas as capitanias hereditárias. A razão primordial que impediu o rápido progresso de sua colonização foi a presença dos índios tamoios, que não davam tréguas aos desbravadores, saqueando-lhes as moradias e as lavouras. Só a partir de 1619 fez o governador do Rio de Janeiro, Martim de Sá, vir de Porto Seguro índios tupiniquins já catequizados para, com os jesuítas e seu filho Salvador Corrêa de Sá e Benevides, implantar aldeamentos próximos à praia denominada São Brás. Somente em 1700, no entanto, os índios construíram uma capela dedicada ao culto de Nossa Senhora da Guia, em local onde hoje é a sede do município.

De 1764 a 1818, o território da freguesia de Mangaratiba fez parte do município de Angra dos Reis, passando a pertencer a Itaguaí com a criação desse município até 1831, quando a antiga aldeia foi elevada à categoria de vila, conquistando emancipação política através do Decreto de 11 de novembro daquele ano, com a denominação de Nossa Senhora da Guia de Mangaratiba.

A exemplo do que sucedeu na quase totalidade dos municípios fluminenses, a escravatura exerceu um papel preponderante na formação econômica e social de Mangaratiba. Do esplendor daquela época restam poucas construções e algumas ruínas.

Pelo seu porto transitavam mercadorias vindas de todas as regiões do Brasil e do mundo. Do interior de São Paulo e de Minas, afluíam os gêneros e artigos a serem exportados.

Mangaratiba também beneficiou-se do surto da expanSão cafeeira como porto de escoamento da produção do Vale do Paraíba, por onde se chegava via picadas de tropeiros pela Serra do Mar, e como sede de grandes fazendas que se espraiavam até Paraty. Com o aumento da produção, tornou-se necessária a abertura de uma estrada mais larga, que foi inaugurada pelo Imperador D. Pedro II sob denominação “Estrada Imperial”.

A grande dificuldade de acesso terrestre permanente e a inauguração da Estrada de Ferro D. Pedro II, ligando o Rio de Janeiro ao Vale do Paraíba na segunda metade do
século XIX, fez com que progressivamente minguasse a atividade comercial de Mangaratiba. A abolição da escravatura extinguiu a agricultura dos latifúndios locais, resultando em quadro de total abandono.

Em 1892, a freguesia de Mangaratiba e ilhas adjacentes foram incorporadas ao então município de São João Marcos, mas readquiriu sua autonomia municipal, com a instalação dando-se no dia 17 de dezembro do mesmo ano. Em 1910, ramal de estrada de ferro oriunda de Santa Cruz chega a Itaguaí e, no ano seguinte, a Coroa Grande e Itacuruçá.

Finalmente, em 1914, festejou Mangaratiba a chegada da primeira locomotiva que a traria de volta ao cenário econômico do Estado.