Inicialmente pertencente a Capitania de São Vicente, cujo donatário era Martim Afonso de Souza, Saquarema, ou na língua tupi "socó-rema", teve como núcleo inicial de povoamento um lugar chamado "Carmo", quando, em 1594, os padres da Ordem do Carmo por elas se interessaram, pleiteando e obtendo de algumas sesmarias localizadas na região. Os religiosos iniciaram logo ao chegar, a construção de um convento que denominaram de Santo Alberto, do qual existe apenas sua imagem em um dos altares da atual igreja matriz.

Após a chegada dos Carmelitas, outras sesmarias foram concedidas na redondezas das suas, o que motivou a criação de várias fazendas nas terras de Saquarema. Entre 1660 e 1662, Manoel Aguilar Moreira e sua esposa ergueram uma capela em honra a Nossa Senhora de Nazaré de Saquarema, justamente no local onde hoje se ergue a igreja-matriz. Pouco tempo depois de inaugurada, ela foi reconhecida como capela curada e filial da Matriz de Nossa Senhora de Assunção do Cabo Frio. Em 1675, estando já em situação precária, o edifício da capela, teve seu prédio substituído por um de maiores dimensões construído de pedra e cal.

Em 1755, o povoado passou a freguesia, constituindo-se a pesca a principal atividade do núcleo. A criação do município ocorreu em 1841, pela Lei n.º 238, de 8 de maio daquele ano, sendo o povoado elevado à categoria de vila. O desenvolvimento reduzido do município, no entanto, determinou sua extinção em 1859, voltando Saquarema a freguesia e passando a sede para Araruama. Um súbito progresso provocado pelo avanço do café e a reação popular, no entanto, restaurou o município, sendo Saquarema restituída à condição de vila em 1860, e instalado em 29 de janeiro de 1861.

Estabeleceu-se uma agricultura próspera, baseada na mão-de-obra escrava, que sofreu forte retrocesso com a Lei Áurea e o conseqüente êxodo dos trabalhadores. Em 1890, a vila de Saquarema foi elevada à categoria de cidade. A sede municipal apresenta topografia extremamente suave e caracteriza-se como centro histórico constituído pelas Áreas próximas à Igreja Matriz, implantada no século XVI, no alto do pontal rochoso, entre a Lagoa de Saquarema e o oceano. Sua expanSão decorreu do surgimento de grande número de loteamentos a partir de 1950, quando a função de local de veraneio passou a constituir o principal vetor de crescimento do núcleo urbano.

A implantação da rodovia Amaral Peixoto, a RJ-106, associada às condições do local onde se estruturou o núcleo histórico foram responsáveis pela formação do eixo comercial em Bacaxá. Seu desenvolvimento decorreu de sua posição em relação à rodovia e localização na entrada para diversos loteamentos, que se formaram ao longo das praias. A conquista de novos espaços junto à lagoa levou o núcleo histórico a desenvolver-se em sua direção, originando na atualidade uma única aglomeração.