A colonização das terras do atual município de São Pedro da Aldeia teve início com a catequese de grupos indígenas realizada pelos missionários da Companhia de Jesus. Em 1617, após concesSão de uma sesmaria, os jesuítas fundaram a Aldeia de São Pedro, construindo uma capela que se tornou o marco da colonização dessa Área.

Os poucos habitantes da região se dedicavam à pesca e à exploração das salinas naturais da lagoa, enquanto os donos de terras, especialmente jesuítas e beneditinos, estabeleceram fazendas de gado em Bacaxá, Parati, São Matheus, Búzios e Macaé. Escravos africanos e índios trabalhavam nestas fazendas, dedicando-se à agricultura, pesca, caça e coleta de subsistência. Entre 1650 e 1660, houve um grande desabastecimento do sal português no Brasil. Esta crise chamou a atenção metropolitana para a cristalização natural do produto na lagoa de Araruama.

A pesca também foi de grande importância neste período. Em Arraial do Cabo florescia a pesca de arrasto e foi constituída a vila de N. Sra. dos Remédios. Na Armação de Búzios, entre 1720 e 1770, caçavam-se baleias e manufaturava-se o óleo. Nas pescarias de alto mar e no interior da lagoa capturavam-se peixes e camarões. Além disso, nos barreiros e olarias eram produzidos tijolos e telhas e, das florestas, serrarias derrubavam madeiras nobres para a fabricação de grande número de taboados.

O desenvolvimento da aldeia determinou sua elevação à categoria de freguesia em 1795, recebendo a denominação de São Pedro da Aldeia. A localidade manteve essa hierarquia durante um século, em razão da supremacia mantida pela cidade de Cabo Frio. A abolição dos escravos, que na maioria dos municípios fluminenses prejudicou a economia local, trouxe mudança de suas atividades agrícolas para a pesca. Essa adaptação rápida motivou a independência políticoadministrativa, tendo sido desmembrado de Cabo Frio em 1890, pelo Decreto n.º 118, de 10 de setembro daquele ano, como município de Sapiatiba, e elevada à categoria de vila, também Sapiatiba, com instalação em 1º de fevereiro de 1893.

Durante um intervalo de meses durante o ano de 1892, o município foi reanexado a Cabo Frio, mas recuperou sua autonomia, por último sob o nome de São Pedro da Aldeia. A vila somente adquiriu jurisdição de cidade em 1929. Até pouco mais da metade do século XX, o parque salineiro de Araruama dominou a produção econômica regional. No entanto, a atividade pesqueira trazia novos investimentos à região, em especial depois da introdução das traineiras na captura de pescado em alto-mar.

Um transporte eficiente fez-se necessário para fazer escoar a produção da região até a capital da República e outros importantes centros do país. Assim, foi construída a ferrovia Niterói - Cabo Frio, foram feitas melhorias no porto do Arraial do Cabo e, posteriormente, foi inaugurada a Rodovia Amaral Peixoto, contribuindo também para o aumento da produção de sal. O auge do desenvolvimento ocorreu na década de 60, com a instalação de duas grandes usinas de beneficiamento de sal em Cabo Frio, e com a construção do complexo industrial da Cia. Nacional de Álcalis, no Arraial do Cabo, que abriu salinas e passou a extrair conchas na lagoa para a produções de barrilha.

A crescente industrialização da região atraiu numerosos trabalhadores de outras regiões do Brasil. No entanto, o parque salineiro dá sinais de exaustão, ocasionada pela concorrência do produto nordestino e pela especulação imobiliária às margens da Lagoa de Araruama. Também a pesca está sobrecarregada pelo esforço excessivo de captura e pela diminuição da qualidade ambiental marinha.

A atual Área urbana de São Pedro formou-se a partir da ocupação do centro, bem como da península de Ponta Grossa, primitivamente ocupada por pescadores e pequenos agricultores, ali se encontrando importante patrimônio histórico arquitetônico decorrente da primeira fase de sua ocupação. Com a criação da Base Aeronaval de São Pedro da Aldeia, em 1961, a estrutura urbana passa a sofrer alterações, com os loteamentos de veraneio que, a partir do núcleo habitacional da Base, desdobram-se pela RJ-106, em direção a Iguaba Grande.