A origem dos municípios de Carapebus e Quissamã encontra-se ligada à de Macaé, município ao qual pertenciam até recentemente, como sedes distritais. A História de Quissamã começa em meados do século XVII, quando as terras entre Macaé e o Cabo de São Tomé foram doadas por Martim de Sá aos chamados Sete Capitães, interessados na criação do gado, sendo que a sesmaria em que se situava seu território foi doada a Miguel Aires Maldonado. Ao chegarem à região, os exploradores encontraram um escravo alforriado vivendo entre os índios. Indagado sobre como chegara ao local, ele se disse originário da cidade de Quissamã, em Angola. Remonta deste fato a origem do nome de Quissamã.

A primeira atividade econômica de que se tem notícia na região é a criação de gado, a partir da instalação de currais pelos Sete Capitães ou seus prepostos, por volta de 1633. A criação extensiva tinha por objetivo abastecer de carne a cidade do Rio de Janeiro. Durante um século a criação de bovinos foi a principal atividade econômica local. Tanto os grandes quanto os pequenos proprietários ocuparam-se desta atividade. Até então, o trabalho escravo era pouco utilizado.

Em 1694, quando é erigida a Capela Nossa Senhora do Desterro, nasce a vila de Quissamã, num local denominado "Furado". Por volta de 1750, a cultura da cana é introduzida na região de Campos dos Goytacazes e a pecuária cede lugar à monocultura açucareira. O primeiro engenho de açúcar de Quissamã foi erguido em 1798, junto à antiga sede da Fazenda Machadinha. A cultura da cana desenvolveu-se de tal forma que a região chegou a ter sete engenhos de médio porte em suas fazendas, além de um elevado contigente de escravos. O açúcar produzido em Quissamã e em Campos era transportado em carros de boi a Macaé, e daí por barco ao Rio de Janeiro.

Em função da conjuntura internacional e de fatores técnicos, os grandes proprietários de Quissamã decidem implantar um Engenho Central, estimulados pelos debates em torno do assunto, como forma de contornar a crise, melhorar a qualidade do produto e diminuir a mão-de-obra utilizada na produção. Deu-se início à construção dos prédios e à importação do maquinário francês e, em 1877, foi inaugurado o Engenho Central, o primeiro da América do Sul em suas características. A partir de então foram desativados os pequenos engenhos da região, passando todos os produtores a entregar sua produção ao Engenho Central.
Além da inauguração do Engenho Central, iniciou-se em 1843 a abertura de um canal que facilitaria o transporte de produção desde Campos até o porto de Macaé e também serviria para sanear a região pantanosa de Quissamã, infestada de mosquitos propagadores da febre palustre. O canal Campos-Macaé foi inaugurado somente em 1861, sendo hoje o segundo maior canal construído do mundo, superado apenas pelo Canal de Suez. Três anos após a inauguração, entretanto, o canal entra em desuso como via de transporte, em favor da Estrada de Ferro Macaé-Campos.

Quissamã conheceu nos 50 anos seguintes um desenvolvimento esplendoroso, com linha férrea entre as fazendas e o Engenho e, deste, com as cidades de Campos dos Goytacazes e o Rio de Janeiro. Esse desenvolvimento pode ser constatado no requinte das construções da época. A partir da crise de 1929, este quadro modificou-se. Alguns fazendeiros endividaram-se e acabaram perdendo suas propriedades em favor em favor da Cia. do Engenho Central de Quissamã que, praticamente, passou a monopolizar a economia local. Desde então, Quissamã conheceu um longo período de estagnação econômica, só interrompido na década de 70 com o advento do Pró-álcool. Em 1989, com a emancipação da cidade, dada com o advento da Lei n.º 1.419, de 04 de janeiro daquele ano, Quissamã retomou o seu desenvolvimento, sendo os royalties do petróleo extraído da Bacia de Campos sua principal receita. A instalação do município deu-se em 1º de janeiro de 1990, e hoje implementa-se o aproveitamento do canal Campos-Macaé como ponto de partida para a irrigação das Áreas agrícolas e como rota de ecoturismo, pois ele passa pelo Parque Nacional da Restinga de Jurubatiba.