O primeiro morador de Navegantes, segundo os historiadores, foi João Dias Darzão, que veio de São Fransisco do sul para se estabelecer na foz do rio Itajaí-açú, frente a confluência do Itajaí-mirim, no lugar que antigamente chamava-se Fundadouro. Em 1715, Manuel Gonçalves de Aguiar,Percorrendo as costas catarinenses, afim de fazer um levantamento, para a Fundação de novas povoações, refere-se a João Dias como já tendo abandonado as suas terras em virtude da pobreza da região em metais preciosos.

Foi em 16 de setembro de 1906, que os moradores fizeram seus primeiros movimentos, com abaixo assinados, para que a municipalidade desse um nome exato ao arraial,que até então, chamava-se "outro lado" ou povoado de santo Amaro. Fato que permaneceu até o ano de 1912. Como o arraial era habitado em sua maioria por Navegantes, o conselho Municipal deu o nome oficial ao arraial de Navegantes , em 17 de Dezembro de 1912.

Em 1962 , Navegantes conquistava sua emancipação Política e administrativa. A partir daí passou a ter vida própria e hoje é um dos municípios mais prósperos da foz do Rio Itajaí. Nestes 40 anos, a cidade que tinha uma praia quase desconhecida, está entre os balneários mais badalados da região.

Outro destaque fica por conta da indústria pesqueira, que hoje emprega mais de 60 por cento dos navegantinos , além é claro da construção naval que tem a mão de obra mais especializada do Brasil.