Lagoinha nasceu à margem do caminho dos tropeiros, que transportavam café da região para o Porto de Ubatuba. A doação de patrimônio para a construção de uma capela em louvor à Nossa Senhora da Conceição em 1863, deu início ao povoado, elevado à vila em 1880, com o título de Lagoinha. O nome se deve a uma pequena lagoa, cuja água foi canalizada para um chafariz público, no povoado.

Surge no período de maior crescimento urbano da região, na época do café. Em 1953, torna-se cidade. Com o fim do plantio do café, o município passou a viver da agricultura e pecuária, preservando várias características do tempo do café, inclusive culturais, como a festa do Divino Espírito Santo.