Os habitantes primitivos da Ilha, de aproximadamente 3.900 anos atrás, eram os Homens dos Sambaquis, semi-nômades, viviam da coleta de alimentos, de caça e principalmente dos produtos do mar. Não conheciam a agricultura. Os Sambaquis existentes na Ilha foram destruidos para a construção de estradas e construção civil, eram montes formados por acúmulos de conchas , provávelmente construidos para enterrar os mortos, ou para rituais religiosos ou rituais festivos.

Os índios Tupi originários da Ásia, cerca de 2000 anos atrás não moravam na Ilha mas vinham aqui tomar banho de mar e apanhar sal. Moravam no Planalto, hoje São Paulo. Os Tupi deram o nome: Ilha de Guaibê ou Guaru-ya. Guaibê significa Lugar de Carangueijo (Azevedo Marques) ou Cipó de Amarrar (Gaspar Soares de Souza), Guaru-ya significa Passagem Estreita (João Mendes de Almeida) ou Viveiro de Sapos ou Rãs (Frei Gaspar da Madre).

Os primeiros colonizadores portugueses ao chegarem a região trouxeram outra pronúncia ao nome Guaru-ya, que passou a ser Guarujá. José Adorno, ao construir uma capela em 1544 na região, em homenagem a Santo Amaro, deu o nome definitivo a Ilha que abrigava Guarujá.

Cronologia Histórica da Ilha de Santo Amaro

1502 - Expedição de Gaspar Lemos ou André Gonçalves, trazia Américo Vespúcio que avistára a Ilha Guarujá, indo em direção a Ilha Goiaó, atual São Vicente.

1532 - Expedição de Martin Afonso de Souza chega a São Vicente, juntamente com Pedro Lopes de Souza.

1540 - Fundação do primeiro povoado da Ilha de Santo Amaro (nome européio) por Estevam da Costa e Jorge Ferreira.

1545 - Instalação do primeiro engenho de cana-de-açúcar, construção da Capela de Nossa Senhora da Apresentação, e a construção da Capela Santo Amaro (dando nome definitivo a Ilha).

1552 - Braz Cubas substituiu um fortim de madeira erguido por Martin Afonso de Souza, em defesa contra os piratas, na entrada da Barra de Bertioga, pela Fortaleza de São Felipe.

1553 - Hans Staden, comandante do Forte São Felipe, naufraga e é capturado pelos índios Tamoios. Milagrosamente libertado retorna a Europa onde escreveu a obra "Duas viagens ao Brasil, 1547-1555".

1584 - Após a invaSão do Pirata Inglês, Edward Fenton constrói-se a Fortaleza da Barra Grande.

1670 - Início da construção da Fortaleza do Itapema.

1699 - Fundação da primeira indústria da região, Armação das Baleias (1699-1830), no Canal de Bertioga.

1715 - Primeiro êxodo rural.

1765 - Primeiro Censo acusa 536 moradores.

1860 - A família Miguel Francisco Bueno Chaves adquire o Sitio da Glória.

1892 - A Companhia Prado Chaves adquire junto à Praia das Pitangueiras e parte do Sitio da Glória, extensa s Áreas de terra. Começa a urbanização (Vila Balnéaria).

1893 - 4 de Setembro, inaugurada a Vila Balneária.

1897 - Incêndio destrói o Grande Hotel (reconstruido passou a chamar Grande Hotel La Plage).

1911 - Plantações de bananas, riquezas agrícolas da região.

1920 - Fase áurea do jogo e do turismo.

1923 - Criado o Distrito de Paz de Guarujá (a Ilha continuou um distrito de Santos até 1934).

1934 - Emancipação Administrativa em 30 de Junho (autonomia municipal) .

1940 - Construção do Forte dos Andradas.

1949 - Instalada a Câmara Municipal de Guarujá.

1953 - Criado o Distrito de Vicente de Carvalho (antigo Itapema).

1962 - Criada a Comarca de Guarujá.

1965 - Instalado o Fórum da Cidade de Guarujá.