Bertioga, como todo litoral paulista, possui vestígios de ocupação pré-histórica, comprovados pelos diversos depósitos de calcários existentes na região.Esse tipo de sítio arqueológico, a que damos o nome de Sambaqui, constitui-se de grandes quantidades acumuladas de conchas de moluscos marinhos e terrestres, misturados com instrumentos de pedra e ossos e esqueletos ou parte de esqueletos humanos e de animais que representam testemunhos de cultura dos paleoamerídios do Brasil.

Bertioga surge na História do Brasil com a importância de um dos primeiros pontos geográficos interessados no povoamento regular, pontos estes destinados à defesa desse povoamento e a palco de grandes batalhas entre a civilização, representada pelos portugueses de Martim Afonso de Sousa, e a barbárie, representada pelos tamoios de Aimberê, Caoaquira, Pindobuçu e Cunhambebe, em constantes incursões e correrias destruidoras.

Seu povoamento teve início no ano de 1531, quando Martim Afonso de Sousa, nomeado Governador Geral da Costa do Brasil, aportou às águas da antiga Buriquioca. Com a intervenção de João Ramalho, Martim Afonso deixou em terra alguns homens para realizar ali uma primeira feitoria da nova fase ou um pequeno fortim, partindo em seguida rumo ao sul, dirigindo-se para o outro lado da ilha, e fundar oficialmente a Vila de São Vicente.

Surge, nesta época, Diogo de Braga, personagem de origem desconhecida e que parecia viver entre os índios e agregados, pois era casado com uma índia e já estava em Bertioga anos antes da chegada de Martim Afonso, falando corretamente a língua dos tupis. A ele, e seus cinco filhos e mais companheiros deixados pelo governador e donatário, se devem as tentativas de formação da primeira colônia e a construção de uma pequena estacada, origens do atual Forte São João.

Esta Área constituiu-se importante ponto estratégico na defesa e vigia do caminho natural de tamoios e franceses. Hans Staden dá-nos relatos bem vivos dos freqüentes assaltos. Daí a necessidade de ser fortificado o local, o que foi feito em ambos os lados da Barra: Fortaleza de São Tiago de Bertioga, ou São João, no trecho continental, e forte de São Luís, ou São Felipe, na fronteira ilha de Santo Amaro.

Essa fortificação só se efetivou em 1547, após ataques dos índios tupinambás, que incendiaram a primeira paliçada existente.Testemunha de iNúmeros acontecimentos decisivos para a História do Brasil, o Forte São João tornou-se um símbolo para Bertioga e um marco para a História do país. Foi nele que, em 1563, os jesuítas Manoel da Nóbrega e José de Anchieta se hospedaram, por cinco dias, antes de irem para Ubatuba apaziguar os índios revoltados na Confederação dos Tamoios.

Foi também de Bertioga que Estácio de Sá e sua esquadra partiram, em 1565, para dar combate aos franceses e fundar a cidade do Rio de Janeiro.O sítio primitivo de Bertioga era uma pequena linha de praia protegida pelo outeiro de Buriquioca, hoje Morro da Senhorinha. O antigo núcleo estendeu-se também pelo outro lado da barra, onde, em meados do século XVI, fora fundada a capela de Santo Antônio de Guaíbe.

Nos primórdios do século XVIII, com o uso do azeite de baleia para iluminação pública e particular, Bertioga passou a ter grande importância, graças à criação da Armação das Baleias para a pesca da Baleia e onde foram construídos grandes tanques para depósito de óleo desses animais.Assim, durante certo tempo, o azeite de Bertioga contribuiu para a iluminação de Santos, São Vicente, São Paulo, São Sebastião e, em parte, também do Rio de Janeiro.

Durante muito tempo Bertioga conservou-se como um núcleo de pescadores, dos mais pobres, com cerca de duas dúzias de casas defronte do porto da barca e três pequenas casas de Comércio.Somente na década de 40, o pequeno núcleo de pescadores começou a despertar para sua grande função: a de Estância Balneária.

Com a melhoria das vias de acesso, através da construção de estradas e cobertura de asfalto da estrada que corta o Guarujá em direção ao ferry-boat, que faz a travessia que liga à Ilha de Santo Amaro à Bertioga, iniciou-se uma grande expanSão urbana da vila.Nesta época, em 1944, Bertioga (e toda extenSão territorial norte) foi transformada oficialmente em distrito de Santos.

Passados três anos, Bertioga foi elevada à subprefeitura, mas continuou, durante muito tempo estagnada, sem água, luz, telefone, arruamento ou acessos rodoviários, contando apenas com um único meio de transporte: as embarcações da Companhia Santense de Navegação, que com alguma precariedade, interligava diariamente Bertioga ao Porto de Santos.Após dois movimentos pró-emancipação, um em 1958 e outro em 1979, Bertioga conquistou sua autonomia.

No dia 19 de maio de 1991, a População compareceu às urnas, realizando o plebiscito que resultaria na emancipação do distrito. Das 3.925 pessoas que votaram, 3.698 foram favoráveis à independência de Bertioga. No ano seguinte, foram realizadas as primeiras eleições da cidade, consolidando sua autonomia e elegendo seu primeiro prefeito, o arquiteto José Mauro Dedemo Orlandini, e seus vereadores constituintes: Lairton Gomes Goulart, Sérgio Pastori, Francisco Soto Barreiro Filho, Miguel Seiad Bichir Neto, Antônio de Jesus Henriques, Ney Moura Nehme, Nelson Turri, José Carlos Buzinaro e Antônio Rodrigues Filho.